Sekretariatet – der som udgangspunkt stilles til rådighed af Apotekerforeningen – vil selvstændigt skulle foretage den nødvendige sagsoplysning og sagsforberedelse med henblik på forelæggelse for nævnet til afgørelse. Sekretariatet vil også skulle tage stilling til, om klagesager skal henvises til eksempelvis Lægemiddelstyrelsen eller Patientklagenævnet.